外商投资时可申请进口优惠和税收优惠。

进口优惠

进口优惠政策可免除资本货物和原材料的关税和进口税，该政策也被称为免税清单优惠。该优惠须在进口前获取批准，进口货物须符合以下特定要求：印尼无生产；印尼生产，但不符合规格要求；印尼生产且符合上述规格，但不能满足需求（上述优惠仅适用于提供或生产应税商品或服务的公司）。与进口免关税优惠一样，投资者也可申请免除进口增值税和预提税PPH22。

税收优惠

除2008年7月17日通过的《所得税法》之外，印尼出台了一系列优惠政策。1999年的“第七号总统令”恢复了鼓励投资的免税期政策；2009 年印尼政府通过的经济特区新法律进一步规定了特别经济区税收优惠政策。所得税优惠由《有关所规定的企业或所规定的地区之投资方面所得税优惠的第1号政府条例》规定。自2011年12月1日起，在印尼的投资者可以向印尼工业部或投资协调署申请免税优惠。

企业所得税减免可适用于商业运营开始之后的五到十年。免税期结束后，纳税企业可接续两年按50％的比例缴纳企业所得税。该优惠面向从事具有广泛产业关联、额外价值和外部效应、引进新技术且对国民经济具有战略意义的先锋行业的公司。如果投资特定领域或特定区域，还可以享受税收津贴优惠。

此外，印尼政府还将出台地区鼓励政策，为投资爪哇岛、巴布亚、马鲁古、苏拉威西、加里曼丹、努沙登加拉等地的企业提供税务补贴等优惠，以发展各岛的比较优势产业。