企业重组税制的基础理论与实践中48号公告有关重组当事方的新规定所述，“上述重组交易中，股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人”和“当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理”。那么，在企业股权收购重组中，目标公司股东中存在自然人股东时如何进行税务处理呢？博大以下例来进行说明：

【案例】股权收购中，目标公司存在自然人股东时的税务处理

假定，在某股权收购重组交易中，收购方P公司计划从目标公司T公司的股东手中收购T公司的80%股权。交易的对方(转让方)为A公司和B自然人，A和B各自持有T公司60%和20%的股权(各自的计税基础为300万元和100万元)。在股权收购基准日，T公司的净资产作价为1，000万元，在此基础上，P和A、B协商确定的收购对价总额为800万元，P以增发的价值600万元的股份作为对价支付给A，以增发的价值100万元的股份和100万元的现金作为对价支付给B。假定59号文规定的特殊性税务处理的其他要求都满足。

问题：此交易如何进行税务处理？

【解析】1.首先，需要判断该股权收购交易是否满足特殊性税务处理的要求。P收购的目标公司的标的股权为60%>50%，股权支付比例=(600 +100)/800=87.5%>85%，并且其他条件都满足，因此该交易符合特殊性税务处理的要求。假定，交易各方协商选择按照特殊性税务处理进行。

2.其次，需要接着判断交易中非股权支付应确认的所得金额。

(1)根据59号文规定来处理。59号文第六条第(六)项规定，非股权支付对应的资产转让所得=(被转让的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)=(800-400)×(100÷800)=50(万元)。由于法人股东A仅仅分得了P股权未分得任何现金，则该50万元所得应全部分配给自然人股东B。

(2)将交易分割为两个子交易来处理：

(a)对于法人股东A，由于仅仅分得了P股权未分得任何现金，交易中不确认任何所得；

(b)对于自然人股东B，视为以公允价值200万元的T股权交换了公允价值100万元的P股权和100万元的现金。对于交换的P股权而言，视为B以持有的10%的T股权对P公司进行股权投资处理，按照《财政部国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税[2015]41号)的规定，B在当期实现并确认股权转让所得为50万元(100-50)，但可以在5年期限内平均计入应纳税所得额计缴个人所得税，交易当期应计入10万元(50/5)；对于交换的100万现金而言，视为B转让持有的10%的T股权，取得股权转让所得50万元(100-50)。

比较上述两种处理方式，可以发现，如果直接按照59号有关非股权支付对应的资产转让计算公式来计算将存在差异(50万元所得)。其原因在于，在考虑股权支付比例时，自然人股东B接受的公允价值100万元的P股权算入了不计算资产转让所得的股权支付中，然而按照48号公告第一条第三款的规定，该股权支付应该计算实现的所得并按照5年平均分摊确认。即，在交易当期，自然人股东应实现并确认股权转让所得100万元，但仅仅只有总计60万元应计入当期的应纳税所得额(其中以10%的T股权投资所实现的所得50万元仅只有10万元应计入当期应纳税所得额)。

3.最后，P公司取得T股权的计税基础按照其原计税基础加自然人股东B确认的所得100万元确定。即，取得T股权的计税基础总额为500万元(400+100)；A公司取得的P公司股权的计税基础以其持有的原T公司股权的计税基础确定，即为300万元；B取得的P公司股权的计税基础以其公允价值确定，即为100万元。可以发现，如果P公司在重组后，立即出售T股权的话，则转让所得为300万元(800-500)，与B已经确认的100万元所得合计为400万元，与T公司不经重组时，A和B直接出售股权确认的所得400万元(800-400)相等；如果A和B在重组后，立即出售持有的P股权的话，则股权转让所得为300[(600-300)+(100-100)]，与B已经确认的100万元所得合计为400万元，与A和B不经过重组直接出售持有的T公司股权确认的所得400万元(800-400)相等。

因此，在同时存在法人股东和自然人股东的股权收购重组交易中，应遵循如下两个原则来确定税务处理：

(1)首先，在判断股权重组交易是否符合59号文特殊性税务处理要求时，转让方股东中自然人的存在并不构成整体交易符合特殊性税务处理要求的障碍——遵循整体交易原则。即是说，在判断目标公司被收购股份数量标准(50%标准)时，转让方自然人股东持有的标的股份亦应计算在内；同时，在判断股权支付比例标准(85%标准)时，转让方自然人股东接受的股权支付数额亦应计算在内。

(2)其次，在计算整个股权重组交易中非股权支付对应资产转让所得或损失时，不能直接适用59号文第六条第(六)项的公式来整体计算转让所得或损失，而应区分法人股东和自然人股东分别进行计算——遵循个别交易原则。①先对自然人股东转让资产的交易按照个人所得税法的规定计算实现的所得，按照不同的交易类型或对价类型分别适用《个人所得税法》以及41号文、67号公告等规定。需要说明的是，在计算自然人股东转让资产所得时，其接受的收购方支付的股权对价部分亦应计算实现的所得，并无“递延纳税待遇”。②再对法人股东转让资产的交易按照59号文的规定计算实现并确认的所得。如果法人股东既收到股权支付对价，又收到非股权支付对价的，应首先按照59号文第六条第(六)项的规定计算非股权支付对应资产转让所得或损失。