(一)营改增前，股权(票)转让的营业税问题

在营改增之前，根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则的规定，营业税的征收范围为有偿提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的行为。因此，股权收购重组中的股权转让行为不属于营业税征收范围。另《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)第二条明确规定：“对股权转让不征收营业税。”需要注意的是，财税[2002]191号使用的是“股权”的表述，我们知道，按照公司法的一般理解，对于有限责任公司我们使用“股权”的表述，对于股份有限公司我们使用“股份”的表述，对于上市公司我们使用“股份”或“股票”的表述。

尽管针对有限责任公司的股权转让不征收营业税，但是针对上市公司的股票转让是否征收营业税并不明确，各地执法也并不统一。2013年2月23日，沪市上市公司广西柳州两面针股份有限公司(600249)在证监会指定信息披露平台上刊登了“关于补缴税款的公告”——该案件属于股改支付对价后的“限售股”解禁后转让征营业税的稽查案件。该案件引发了市场的广泛热议，有认为限售股转让征营业税的，也有认为不征营业税的；有认为计税依据减除的买入价是当时原始股价，也有认为是上市首日开盘价，还有认为是上市首日收盘价。但是，我们应该注意到，2013年1月，国家税务总局督察内审司向柳州市地方税务局下达的《国家税务总局督察内审司关于征求广西壮族自治区地方税务局税收执法督察报告意见的通知》(督审便函[2012]113号)毕竟属于个案便函，仅有部分地区税务机关通过不同形式明确了限售股转让营业税问题，例如深圳，厦门等地要求征收，也有部分地区不征收。博大的意见是倾向于征收，但应明确其“买入价”等问题。

(二)营改增后，股权(票)转让的增值税问题

根据36号文附件1《营改增试点实施办法》第一条规定：“在中华人民共和国境内(以下称境内)销售服务、无形资产或者不动产(以下称应税行为)的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。”《营改增试点实施办法》附录“销售服务、无形资产、不动产注释”第一条“销售服务”第(五)项“金融服务”第4点“金融商品转让”的规定：“金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。”通常，股权不被视为金融商品中的有价证券，但上市公司的股票则属于典型的有价证券。因此，纳税人转让上市公司股票的，属于金融商品转让的应税行为，需缴纳增值税。

36号文附件2《营改增试点事项规定》第一条第(三)项“销售额”第3点规定：“金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。金融商品转让，不得开具增值税专用发票。”36号文附件1《营改增试点实施办法》第四十五条规定：“增值税纳税义务、扣缴义务发生时间为：……(三)纳税人从事金融商品转让的，为金融商品所有权转移的当天……”显然，在应税销售额方面，36号文延续了原营业税政策的规定。

同时，根据36号文附件3《营改增试点过渡期政策规定》第一条“下列项目免征增值税”第(二十二)项“下列金融商品转让收入”的规定，下列五类金融商品交易免征增值税：

1.合格境外投资者(QFI)委托境内公司在我国从事证券买卖业务。

2.香港市场投资者(包括单位和个人)通过沪港通买卖上海证券交易所上市A股。

3.对香港市场投资者(包括单位和个人)通过基金互认买卖内地基金份额。

4.证券投资基金(封闭式证券投资基金，开放式证券投资基金)管理人运用基金买卖股票、债券。

5.个人从事金融商品转让业务。

因此，与原营业税政策类似，个人从事金融商品转让业务免征增值税，并且还规定合格境外投资者(QFⅡ)委托境内公司在我国从事股票买卖业务，证券投资基金(封闭式证券投资基金，开放式证券投资基金)管理人运用基金买卖股票等，予以免征增值税。