59号文和109号文规定“受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的50%”，在实务中，该规定导致了两个颇具争议的问题：

问题一：按照59号文和109号文的字面规定是“全部资产”的50%，而不是“全部净资产”的50%，但是，在实务中如何仅仅按照资产进行确定而不考虑与其相关联的负债，是否显得并不科学合理，有些学者主张应该按照净资产进行确定；

问题二：59号文并没有明确是按照转让企业全部资产账面价值的50%，还是全部资产公允价值的50%或者是计税基础的50%？在实务中，采取这三种方式进行计算的都有，但主要集中在前两种之争。

对于上述的问题一，博大认为，从59号文有关承担负债属于非股权支付的规定以及本规定的字面描述来看，毫无疑问是指全部资产的50%，而不是净资产的50%。但正如前述，基于重组实践的考虑，可以按照“净资产”进行确定。首先，在收购实务中，资产往往都是与相关的债务一并转让的，而且依据有关增值税的13号公告的规定：“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。”如果不包含负债(即将负债视为非股权支付)，可以达成所得税上的免税重组，但是就不可能达成免增值税了；反之，亦然。所以，博大觉得按照“净资产”进行确定可以解决增值税、营业税等流转税与所得税的统一。其次，重组的作价一般都是在净资产的公允价值上进行确定的，作价时都考虑了与资产相关联的负债。最后，博大认为，可以借鉴美国联邦税法的C型重组的有关要求，建立双重资产标准——总资产标准(美国为70%)和净资产标准(美国为90%)。譬如，59号文可以建立全部资产的50%和净资产的75%标准，这样可以同时兼顾负债因素的考虑。

于上述的问题二，博大认为，按照公允价值计算是科学合理的。因为在重组交易中，重组各方通常是按照净资产的公允价值在商定交易对价，账面价值或计税基础都不能很准确地反映收购中实际收购净资产的公允价值是多少，只有公允价值能够反映，同时才能保证经营连续性规则的落实。还需要注意的是，不能因适用特殊性税务处理，就必然得出要按资产的账面价值来确定的结论。博大的理解是，资产收购协商作价是按照资产的公允价值来确定的，不论是一般性税务或是特殊性税务处理皆是如此，这就决定了博大的观点是按照资产的公允价值来确定。

但是，在实践中，有人认为“按照公允价值确认比例也有两个缺陷，一是在适用特殊性税务处理的资产收购中，由于被收购企业不确认所得，所以无需进行资产评估，如果对被收购资产比例按照公允价值确认，被收购企业必须对所有资产进行评估，才能得出是否符合被收购比例的结论，需要付出评估费用，加重了企业负担；二是公允价值容易被操纵，例如，被收购资产账面价值比例只有45%，可能通过评估的方式，不公允地将被收购资产评估为50%，从而达到符合特殊性税务处理的条件。”博大对此有不同的观点：首先，在交易作价中，不论是否事先设计方案以满足特殊税务处理，往往都需要进行资产评估以确定支付的对价金额，这笔评估费用往往不能节省；其次，对于操纵评估的说法，对于目标公司而言，如果被收购资产账面价值只有45%的话，通过评估调整为50%，实质上是将被收购资产的公允市场价值的相对比例调高了，而剩余未被收购资产的公允市场价值的相对比例调低了。但是，从我国目前会计准则通常采取公允价值交易、调整、确认的规定来看，市场经济交易的基础必然会趋向于采取公允市场价值，从这个意义上来看，不能因为存在个别的评估操纵就否定采取公允市场价值进行交易定价的基本原则，而退回到采取账面价值的定价原则上。因此，博大认为，国税局应当明确50%比例为全部资产公允价值的比例。