在确定被分立企业的累积盈余公积和未分配利润时是否考虑其在分立中在税法上确认的所得而增加的留存收益，或者说“累积盈余”的计算确认问题。如果考虑这部分所得，通过上述方法计算出来的结果也不会破坏计税基础的连续，但带来的结果是被分立企业的股东可能的实际确认的所得或损失的减少或增加。但博大认为应当考虑，理由如下：

其一，这部分所得尽管只是税法上的所得，在会计上和实际交易上（企业分立只有被分立资产和负债对应的股权的分立，并没有实际的资产和负债的转让行为）并没有真正实现，但计算资产的变现价值时也是采用的税法上的视同转让而实现的价值；

其二，这部分所得尽管不属于分立之前累积形成的“免税”股息性所得，但是计算缴纳了企业所得税，也属于分立之时形成的“免税”股息性所得；

其三，在企业分立中，分立企业的账务处理中，投入净资产的公允价值超过其注册资本的部分全部计入了资本公积（资本溢价）部分，不存在留存收益。因为被分立企业的股东在分配中已经享受了分离出去部分或分配中产生的留存收益部分的股息免税待遇，不会造成重复征税。

如何理解和适用企业分立特殊性税务处理要件中“按原持股比例”的要求

“按原持股比例”的要求意味着被分立企业分配时必须按照股东的股权比例进行分配，不得进行“不成比例的分配”。所谓“不成比例的分配”是指，如果一个企业的分配导致某些股东收到财产（现金或其他财产），并且其他股东在企业资产或盈利中的一个权益比例的增加的话，这违背了股息分配不应导致所有权比例变化的一般原理，因此该分配应当被视为一个财产分配。实质上，“不成比例的分配”可以被视同为权益比例增加的股东接受了其他股东的股权转让并支付了对价。

博大以为，59号文之所以将“不成比例的分配”排除在外的理由在于它将不成比例的分立交易分解为两个独立的交易，即：成比例的分立交易和股东之间的“新股”转让交易，在股权转让中实际上已经有所得或损失的实现。也许，有人会提出一个观点，那就是，既然59号文允许“被分立企业股东在该企业分立发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%”，那么，为何不将“不成比例”的部分分配视同非股权支付合并计算一并考虑呢？博大以为不可以，理由在于：一是，该视同非股权支付是由被分立企业的股东投入并分配支付给被分立企业股东而不是分立企业直接支付，不能混为一谈；二是，如果允许这样，重组方完全可以通过这种方式将一个应税股权转让“包装”为一个“免税企业分立”。